Шиничи Кудо - ученик старшей школы, который, используя наблюдения и дедукцию, очень хорошо разгадывает различные загадки. В ходе одного из расследований, его схватила мафия и заставили его принять новый экспериментальное лекарство. Оставив его умирать, мафиози испарились. Однако, вместо того, чтобы убить его, лекарство превратило Шиничи в маленького ребенка. Чтобы создать иллюзию его исчезновения, Шиничи берет себе новое имя, основанное на имени его любимого писателя (Артура Конан Дойля) и становится Конаном Эдогавой. Ран, его (ну, Шиничи) подруга детства берет этого маленького ребенка под свое крылышко и приводит Конана к себе домой. Сейчас Конан живет в детективном агенстве, принадлежащем отцу Ран. Его разум так же остр, как и раньше, поэтому он продолжает разгадывать тайны, ... всегда позволяя отцу Ран забирать всю славу. Так он и живет, ведь он всего лишь маленький ребенок... даже для Ран. Это страшно раздражает Конана, так как никто не хочет прислушиваться к "маленькому мальчику". Однако у Конана есть цель - найти тех мафиози, которые совершили с ним это, а так же противоядие к этому лекарству.