На дворе 2034 год. Студент старшей школы Сасаки Хиро, как обычно, едет на учебу в автобусе. Однако все меняется после того, как автобус атаковала странная девушка с красными глазами. Когда Хиро приходит в себя, он понимает, что оказался в "Токио" - городе, изолированном и закрытом после эпидемии неизвестного Вируса Пандоры, произошедшей 10 лет назад. И не только это - все, кто оказался в "Токио", получили новые нечеловеческие способности! А теперь, в руинах Шибуи, Хиро и его друзья должны понять, зачем они здесь, и узнать все, что они могут, об ужасном Вредоносном Коде, выходящим из-под контроля в их телах, прежде чем он уничтожит их всех!